El Fonacit tiene como visión a mediano y largo plazo, aumentar y mantener la recaudación de los recursos destinados por el órgano rector al financiamiento bajo la modalidad subvención de proyectos que generen conocimientos y contribuyan al desarrollo económico y social de la Nación, la sustentabilidad de la producción, la protección del ambiente, la seguridad y el ejercicio pleno de la soberanía nacional.